リーグ・オブ・シャドウズ(影の同盟)

ミュージアムの外に出てディテクティブモードを起動すると血の跡があり、それをたどっていくと建物の屋上にたどり着く。そこで女忍者を追跡し、追いついてバトルになったらカウンターで彼女に追跡チップを付ける。 そのあとその女忍者の後を十分な距離を保ちながら尾行し、工業地区にある地下鉄トンネル入口へと向かう。

地下鉄トンネル

ジャンプでは渡れない崖はラインランチャーを使って渡る。ラインランチャー使用中に直角に移動する場合は、いったんエイムボタンを離してから移動したい方向をエイムして撃てばその方向へと移動することができる。 壁にあるセキュリティパネルをハッキングし、開いたゲートを通り抜けると以前に最後の3つめのジャマーを発見した場所へと出る。 そのジャマーのそばの部屋の隅にある扉を通り抜け、ラインランチャーで水上を渡ったらグラップルで段差上に上がって扉を通ろう。

壁穴を通り抜けたらさらにラインランチャーで渡っていき、両開き扉を通る。

ワンダータワー・ファンデーションズ

シャフトを挟んで向こう側に人質がいる所までたどり着いたあと、数分経つと携帯ジャマーを持った男が下の方にやってくる。その男をテイクダウンで倒したあとその倒れた男を調べに別の連中がやってくるので、バットラングやグライドキックで倒していこう。全員倒したら看護婦のフィオナと会話し、広間に戻って北側にある扉を通る。 発電機を起動しながら進んでいき、忍者達を倒したあとディテクティブモードを起動。爆破ジェルで壊せる床板を見つけ出したらそこを破壊してRECを使おう。

ワンダーシティ

6つのロボットを調べる。ロボットを調べると忍者が出現することがあるので、その場合は道路の中央辺りで応戦すれば比較的安全に戦えるだろう。 全てのロボットを調べたら巨大な扉の左側にある隠し扉へ。その扉を調べると鍵穴が見つかるので、その後に出現する女忍者の剣をカウンターでその鍵穴に差し込めばその扉を開くことができる。

トンネルを通ってハシゴを登った先の部屋ではラーズ・アル・グールの後についていく。 杯に注がれている液体を飲んだ後、ラーズの指示に従って何にも触れずに青い跡をたどっていくことになる。ここで何かに触れるとその時点でゲームオーバーとなってしまうので注意。 青い跡をたどって氷山を渡り、2人の剣士と戦ったあとオレンジ色に光る穴へと飛び込む。

ラーズ・アル・グール

最初は忍者達と戦う。忍者達がラーズと合体すると手裏剣や剣を投げてくるようになる。この形態の時にはラーズを中心にその周囲を忍者達が回転しているので、 攻撃を回避しつつもRECをその忍者達のガードの隙間を通して中心にいるラーズに当てる。 忍者達が集団で襲ってきたらカウンターボタンを連打して撃退しよう。 忍者を倒してその数を減らしていくと忍者達は今度は合体して巨大なラーズを形成する。ここでもやることは前と同じで、中央にいるラーズ本体にRECを当てよう。 そして最後はリバースバットラングでフィニッシュを決める。

ラーズを倒した後は来た道を引き返して地下鉄トンネルに戻り、それからMr.フリーズの所まで戻る。 地下鉄駅にいる敵集団を一掃した後、セキュリティ装置をハッキングして地下鉄エリアから出よう。